Plesk 10以降で、cgi-binディレクトリの設定変更が可能でございます。
以下の手順をご参照ください。

設定方法
1.Plesk にログイン
2.「ホスティングサービス」-「ドメイン」をクリック

3.「変更したいドメイン」を選択
4.「コントロールパネルで開く」をクリック

5.「ウェブサイトとドメイン」を選択

6.「高度なオペレーションを表示する」→「ウェブサイトスクリプティングとセキュリティ」を選択

7.「ウェブスクリプティングと統計」にある「CGIサポート」にチェックを入れ、更に「cgi-bin ディレクトリの場所」で、プルダウンメニューから、「ウェブスペースのルートディレクトリ」 または「このドメインのドキュメントルート」 いずれかを選択

8.「OK」を選択して設定内容を更新